Personalizirana medicina
Opće prihvaćena činjenica je da je svaki čovjek jedinstven. Kada se osoba razboli dobiva dijagnozu koja ima svoje ime na latinskom jeziku i oznaku slova i broja iz Međunarodne klasifikacije stanja i bolesti. To vidite na svakom liječničkom izvješću koje dobijete. Svaka ta dijagnoza za istu bolest ima isto latinsko ime i isti broj i slovo kod svakog bolesnika. Suvremena medicina pokušava za svakog bolesnika pronaći specifičnosti unutar iste dijagnoze i to je temelj personalizirane medicine. Te specifičnosti su, uglavnom, zasnovane na genetici bolesnika i često utječu na izbor terapije ili različite preventivne mjere koje je moguće poduzeti da se bolest ne javi.
Ne postoji uniformirana terapija za tumore
– svaki bolesnik i svaki tumor je jedinstven
Svaki tumor
– posljedica genetskih promjena u tumorskom genomu (somatske mutacije)
= tumori genetske bolesti.
Svaki 5. bolesnik – predispozicija za tumor nasljedna
Nastanak tumora
– iz stanica s mutiranim genima
Normalan proces – popravljanje stanične DNA
Izlaganje karcinogenima (tvari koje pospješuju nastanak karcinoma), kao što su dim cigarete ili UV zračenje povećava broj mutacija
Loše popravljena mutacija – dovodi do nastanka karcinoma
Svaki tumor je poseban – sadrži specifične mutacije koje uzrokuju rast tumora
Genetskom analizom saznajemo specifičnosti određenog tumora i određujemo efikasnu terapiju koja cilja samo stanice koje imaju određenu mutaciju. Time sprječavamo da kemoterapija ošteti zdrave stanice bez mutacija.
Cancer Precision test
Analiza panela od 766 gena koji su povezani s tumorima i odabrane fuzije 31 gena koje utječu na terapijsku učinkovitost. Varijacije u tim genima su poznate po utjecaju na razvoj tumora, progresiju tumora i metastaziranje tumora.
Određivanje TMB (Tumor Mutation Burden), odnosno potencijal tumora za mutacije kao MSI (Microsatellite Instability), odnosno nestabilnost mikrosatelita DNA koji utječu na moguće terapije najnovijim imunomodulatornim lijekovima.
Ciljana analiza fuzija RNA omogućava određivanje fuzijskih transkripata u 106 gena.
- Pokriva visoki prosjek sekvencioniranja kako bi pronašao subklonalne varijante gena: 500 – 1000 puta ponavljanje.
- Osjetljivost 99,9%, Specifičnost 99,9%
- Ciljana analiza fuzija RNA baziranih fuzija gena
- Brzina – već za 3-4 tjedna od prijema uzorka u laboratorij CEGAT
Medicinski izvještaj sadrži:
- Varijante mutacija s potencijalnim terapijskim značajem
- Određivanje TMB(Tumor Mutation Burden) i predviđanje MSI (Microsatellite Instability)
- Prijedlog ciljane terapije – lijek za svaku mutaciju
- Opsežno pojašnjenje putova razvoja tumora
- Određivanje CNV (Copy number variation)
- Sekvencioniranje i tumorskog i normalnog tkiva
Dodatne usluge:
- Proširena opcija izvještaja
- Analiza fuzija RNA
Uzorak za analizu treba sadržavati:
- Normalno tkivo – 1 do 2 ml EDTA epruveta krvi
- Tumorsko tkivo – parafinske pločice patohistološkog nalaza tumora s udjelom tumora u tkivu minimalno 20%
U dijagnostici tumora, najvažnije je odvojiti varijante koje su ograničene na tumor (somatske varijante) i usporediti ih s onima koje predstavljaju zdravo tkivo (germline varijante). Jedini ispravan način za određivanje varijanti u zdravom tkivu je sekvencioniranje odgovarajućeg zdravog tkiva zajedno s tumorskim tkivom.
Tumor Detect – tekuća biopsija
Tekuća biopsija predstavlja optimalnu proceduru testiranja u slučajevima gdje tumorsko tkivo nije dostupno, kao na primjer kod neresektabilnih tumora ili lošeg stanja bolesnika.
Glavni cilj – analiza slobodno cirkulirajuće stanične DNA (cfDNA) koja se otpušta u krv iz umirućih stanica tumora.
Veoma osjetljivom detekcijom tumor-specifičnih biomarkera, analiza slobodno cirkulirajuće stanične DNA može se koristiti za praćenje terapijskog odgovora i rezistencije na lijekove.
STANDARDNI UZORAK
- 3 cfDNA epruvete s po 10 ml krvi
- Vrijeme obrade uzorka: 3-4 tjedna od prijema uzorka u laboratorij
- Varijante s mogućim utjecajem na terapijski pristup
- Detekcija rezistencije na lijekove
- Detekcija recidiva tumora
- Jedinstvena tehnologija molekularnog dijagnosticiranja
Najnovija tehnologija primijenjena u CancerDetect omogućava pronalaženje mutacija u ciljnim regijama i s jako malim postotkom tumorske DNA. Upotreba jedinstvenih molekularnih markera prije PCR-a, povećava osjetljivost i točnost sekvencioniranja i pronalazi varijante i sa učestalošću od samo 0,25% DNA.
Cancer Neo
Personalizirano tumorsko cjepivo – veoma snažna terapijska opcija za pojačavanje odgovora imunološkog sustava na stanice tumora.
Analiza exoma tumora bolesnika pronalazi tumor-specifične mutacije predviđa ”neoepitope” koji su važna meta za uništavanje tumora. Ekspresija ovih ”neoantigena” se potvrđuje analizom RNA transkripcije stanica iz uzorka s tumorom.
”Neoepitopi” su patološki peptidi. Stanice ljudskog tijela stalno stvaraju peptide na svojoj površini, tako pokazujući trenutno stanje unutar stanice. Stanice imunološkog sustava mogu prepoznati normalne peptide za razliku od patoloških i upotrebljavajući ovu informaciju one mogu odlučiti hoće li uništiti stanicu ili ne. ”Neoepitopi” se stvaraju uslijed mutacija u tumoru i predstavljaju metu za eliminaciju tumora. Kako bi pojačali prepoznavanje ”neoepitopa” daje se cijepivo kao potpora terapiji tumora.
Detalji analize
Dijagnostika tumorskih ”neoantigena”
Sekvencioniranje cijelog exoma tumorskog i normalnog tkiva koristeći CEGAT Exomextra
Detaljna analiza varijanti 766 gena značajnih za terapijski izbor
Medicinski izvještaj s listom varijanti od terapijskog značaja
Terapijske opcije zasnovane na somatskim mutacijama
Određivanje TMB (Tumor Mutational Burden) i MSI (Microsatellite Instability)
Detaljan opis staničnih puteva značajnih za razvoj tumora
Detekcija CNV (Copy Number Variants)
Sekvencioniranje cijele tumorske RNA
Tipiziranje i klase HLA gena
Predviđanje ”neoepitopa” HLA klase i tumor specifičnih varijanti gena
Drugi medicinski izvještaj s odabranim peptidima za proizvodnju cijepiva
Antigen – pokazna stanica
UZORAK ZA ANALIZU
Normalno tkivo – 1-2ml krvi u EDTA epruveti ili DNA bolesnika (1-2 mikrograma).
Tumorsko tkivo (najmanje 20% u uzorku) – parafinski blok (5x5x5mm) ili parafinske pločice (najmanje 10 rezova veličine 4-10 mikrograma, tkivo veličine 5x5mm).
Analiza traje 4-6 tjedana.
Po završenoj analizi bolesnik u nekoliko navrata dolazi u Cegat laboratorij u Tubingenu, Njemačka kako bi primio cijepivo.
Znanstveno objašnjenje detekcije ''NEOANTIGENA''
”Neoepitope” prepoznaju CD8+ citotoksični T limfociti i CD4+ T pomoćni limfociti. ”Neoepitopi” prepoznati od strane CD8+ T limfocita su obično veličine 8-10 aminokiselina i prezentirani su putem HLA I klase molekula, dok su ”neoepitopi” prepoznati od strane CD4+ T pomoćnih limfocita obično duži (13-18 aminokiselina) i prezentirani su putem HLA II klase molekula. Kako bi imunoterapija bila uspješna, izbor ”neoantigena” mora uključiti kako kratke, tako i dugačke peptide. Odgovor imunološkog sustava za svakog pojedinačnog bolesnika može se pratiti tijekom anti-tumorskog cjepiva putem analize aktivacije specifičnih T limfocita za određeni ”neoepitop”.
